酸性水環境對許多水產養殖動物的代謝作用不利。pH的變化影響魚類對氧的利用程度，并降低對低氧條件的耐受力，而且在pH過高或過低時，都將提高其窒息點。在酸性條件下，大多數魚類對低氧耐力的減弱更為顯著。在酸性條件下，魚類的攝食吸收率降低。pH的變化與水產養殖動物繁殖與發育也有密切關系。很多動物在pH過高或過低時發育都不良，魚卵在pH低的酸性水中卵膜軟化，卵球扁塌失去彈性，易提早破膜，pH大于9.5時卵膜也會提早溶解。pH對微生物也有影響，當水環境pH超過或低于其適宜生長范圍時，微生物的生長就會受到抑制，同時，微生物的組成及比例也會發生變化。

pH還通過影響其他的環境因子而間接影響到養殖動物。例如在低pH下，鐵和硫化氫的濃度都會增高，而這些成分的毒性又與低pH有協同作用，pH越低，毒性越大；另一方面，高的pH又會增大氨的毒性。另外pH偏離了中件到弱堿性范圍而變得過高或過低時，都會抑制植物的光合作用和腐敗菌的分解作用；而前者又會影響到水體的氧氣狀況和養殖動物的呼吸條件，后者會影響到水中有機質的濃度。

pH還嚴重影響到水體的生產力。首先pH的不適宜會破壞水體生產最重要的物質基礎——磷酸鹽和無機氮合物的供應。如果水偏堿會形成難溶的磷酸三鈣，偏酸又會形成不溶性的磷酸鐵和磷酸鋁，都會降低肥效；在氮的循環中pH也起重要作用，硝化作用固氮作用都以弱堿性pH7.0～8.5最適宜，遇到酸性或強堿性條件都會受到抑制。其次，pH通過直接影響植物的光合作用和各類微生物的生命活動，從而影響水體的整個物質代謝。