水環(huán)境監(jiān)測分析的方法主要有化學(xué)法、物理法和生物法等三種。前兩種方法是環(huán)境監(jiān)測部門常用的方法。化學(xué)方法有化學(xué)分析法和儀器分析法兩種。化學(xué)分析法是基于物質(zhì)的化學(xué)性質(zhì)，適用于常量分析。設(shè)備簡單，精度高，但操作比較耗時；儀器分析方法是基于物質(zhì)的物理或物理化學(xué)特性。使用特定儀器進行分析。常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光譜分析、色譜分析、電位分析、極譜分析和質(zhì)譜分析等。這些方法適用于快速分析和微量分析，但設(shè)備昂貴，樣品預(yù)處理較復(fù)雜，無法進行現(xiàn)場分析。物理方法（如遙感技術(shù)）一般只能用于定性描述，必須與化學(xué)方法相配合，才能快速、大范圍地描述水體狀態(tài)。

生物法是根據(jù)生物體對環(huán)境的適應(yīng)原理，通過測量水生生物的變化來間接判斷水質(zhì)。比較常用的方法有：

1.指示生物法。指示生物是指生活在一定水環(huán)境中，當(dāng)水環(huán)境質(zhì)量發(fā)生變化時，會敏感地表現(xiàn)出受害癥狀甚至消亡的生物。觀察和測量指示生物和種群的變化，可以更準(zhǔn)確地判斷出環(huán)境質(zhì)量狀況。

2.群落結(jié)構(gòu)法。群落結(jié)構(gòu)是指自然界中一定范圍（或區(qū)域）內(nèi)存在的、相互依存的一定種類的動植物和微生物的組成。監(jiān)測這種水生生物群落結(jié)構(gòu)的變化可以確定水質(zhì)狀況。

3.生物測試法。也就是說，水生生物被污染物毒害后，通過生理機能變化的癥狀來判斷水體污染狀況。

4.殘毒測定法。生物從環(huán)境中吸收各種污染物，通過體內(nèi)遷移、轉(zhuǎn)化和再分配，以殘毒的形式在生物體內(nèi)積累。

生物體內(nèi)的殘毒含量往往比周圍環(huán)境中的相應(yīng)含量高好多倍。測定生物體內(nèi)的殘毒含量，可判斷水受污染的狀況。

近20年來，我們結(jié)合部分常規(guī)水質(zhì)監(jiān)測和環(huán)境影響評價的現(xiàn)狀監(jiān)測，在珠江三角洲出海口門、山區(qū)水庫、三角洲河網(wǎng)、伶仃洋等水域?qū)嵤┡c水質(zhì)監(jiān)測同步的生物監(jiān)測、魚類調(diào)查和蠔業(yè)生產(chǎn)調(diào)查。利用生物群落結(jié)構(gòu)、生物多樣性指數(shù)和水質(zhì)指示生物的特性，總結(jié)出適合珠江三角洲的生物監(jiān)測的方法，評價水質(zhì)污染程度。我們還合理地運用各種新型分析儀器和技術(shù)，形成了與水環(huán)境相關(guān)的水生動物、水生植物、底棲動物、著生生物、生物體殘毒的監(jiān)測分析能力，積累了大量的經(jīng)驗和寶貴資料。

同時，我們也關(guān)注到國內(nèi)已有許多學(xué)者在利用生物方法監(jiān)測水環(huán)境方面做了大量的嘗試。如黃河蘭州段：底棲動物的種群分布和變化規(guī)律及與其相關(guān)的化學(xué)指標(biāo)和水文特點的關(guān)系，總結(jié)出水生生物消長規(guī)律，對黃河蘭州段水質(zhì)進行生物學(xué)評價；蘇州河：著生生物群落結(jié)構(gòu)的生態(tài)學(xué)變化與水質(zhì)的關(guān)系；黃浦江：著生藻類群落在水質(zhì)監(jiān)測中的應(yīng)用，利用著生生物群落動態(tài)變化監(jiān)測水質(zhì)的研究等等。我們樂意與各地同行交流切磋，使生態(tài)學(xué)理論與環(huán)境監(jiān)測技術(shù)方法密切結(jié)合，篩選出適合本地水域的指示生物和群落生物學(xué)指標(biāo)，建立生態(tài)監(jiān)測指標(biāo)體系，使水質(zhì)監(jiān)測手段更加完善。